L'Université Emi Koussi (UNEK) est jumelée à l'Université Publique de Sfax en Tunisie. Elle est la toute première université privée laïque au Tchad, ayant obtenu son autorisation de fonctionner par arrêté n°347/PR/MESSG/DGESRSFP/11 du 25 novembre 2011.

En 2014, l'UNEK obtient son autorisation de fonctionner pour la formation en Master par arrêté n°439/PR/PM/MESRSI/SG/DGESRS/2014.

En 2020, à la faveur des arrêtés n°102/PR/PM/MESRI/SG/DGESRI/DES/2020 du 02 avril 2020 et n°269/PR/MESRI/EGM/DGESRI/DES/2020 du 15 septembre 2020, l'UNEK obtient respectivement le quitus de la Faculté des Sciences et Techniques puis de la Faculté des Sciences Biomédicales.

Dans sa quête perpétuelle d'un rayonnement international, l'UNEK intègre les réseaux des grandes universités. À ce titre, elle a signé des conventions avec les Universités de Yaoundé I et II, de Maroua, de Ngaoundéré, de Dschang et de Douala.

Fort de sa formation de qualité et de la meilleure gouvernance académique, l'UNEK occupe une place prépondérante dans le classement à l'échelle nationale et internationale. Au niveau national, la Commission Nationale de l'Enseignement Supérieur Privé (CNESP) classe l'UNEK parmi les meilleures universités privées au Tchad. Au niveau international, Edurank la classe en 2ᵉ position après l'Université de N'Djaména.